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王小如的去世和林大鱼的昏迷让一家人难以接受，吴梅朵接到美国康复中心电话得知大鱼苏醒，众人激动难以控制情绪。吴梅朵悉心照料林大鱼，将心底的情感表达了出来。超级电脑得到重启，使林大鱼彻底恢复了神智。林大鱼向世界呼吁对人工黑洞的开发，世界末日得到阻止。林大鱼依靠超级电脑的数据重新建造时间虫洞，灵魂穿越回到2012年，与燃和王小如再次相遇。

曹天派人绑架颜子琳，欲要对背叛了自己的她施以惩罚。林大鱼收到超级芯片的信号反应而及时赶到，小如趁机救下了颜子琳。曹天将王小如挟持，使林大鱼不敢还手遭到殴打。小如看到大鱼受伤昏迷，吸收芯片觉醒了超能力。曹天眼见不敌将大鱼拖下楼顶，小如为了救回挚爱而使自身跌下楼去，大鱼悲伤不已追随而去。

郝自豪不忍大鱼一无所知，告知了燃和王小如之间的关系。大鱼幡然悔悟了自己的情感，主动留住王小如并告白。上官虹向林大鱼约战，却被他再次溜走。校园篮球赛由于郝自豪的受伤陷入危局，林大鱼在刘老师的条件引诱下被迫上场并且锁定胜局。王爸与熊妈有心促成大鱼和小如两人，却被大鱼告知两人正在恋爱而惊讶。林大鱼与小如的同居生活即将开始，大鱼却躲在卫生间十分踌躇。

小如请班上同学聚餐，吴梅朵趁机接近林大鱼。林大鱼对王小如袒露心声，觉得自己真心爱上了燃。小如表示愿意牺牲自己换回燃，遭到了林大鱼的大声呵斥。小如整理东西发现燃留下了的书信和一份美国大学的邀请函，让小如自行选择要过的人生。吴梅朵办了高级派对，当场向林大鱼表白。王小如不愿大鱼为难，送上祝福决定出国。

曹天约黑社会来学校堵大鱼，黑哥看到是林大鱼却吓得急忙溜走。林大鱼为了完成与曹天的赌约决定去图书馆自习，却没曾想接到了王爸突然晕倒的消息。林大鱼如约参加研究生考试，当他发现自己做过的题与试卷一模一样时，顿时明白了燃的苦心。想起燃曾经为了他的一幕幕，林大鱼痛哭流涕悔恨当初。曹会长因涉嫌绑架而被调查，曹天终于失去了唯一的光环。颜子琳要挽回林大鱼，却遭到其无情拒绝。

吴梅朵告诉父亲大鱼就是自己的救命恩人，吴父将熊妈和大鱼请走去单独相聚，这让盛气凌人的大鱼舅舅一家十分尴尬。林大鱼返回校园却遭到了刘老师的密切关注，因为吴梅朵是校董的女儿而害怕大鱼再惹麻烦。小如与大鱼在烧烤摊上喝酒聊天，小如对大鱼这种颓废的状态终于表达出了不满。大鱼开始尝试吃榴莲，告诉小如为了燃他愿意做出改变。林大鱼约见了颜子琳，将感情一刀两断。