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　　崔大贤与武元通过视频会面，他提条件要求还秘密要员以清白。政府未能遵守条件逼急了郑尚俊，郑尚俊枪杀刘振宇后欲扩散病毒，崔大贤与郑尚俊反目身受重伤，他临死前将阻止郑尚俊的重任交给搜查科。郑尚俊与马尚旭在各处安装病毒炸弹，武元等人分头行动阻止病毒扩散。健宇血战马尚旭拖延时间，泰平成功解除爆炸装置，武元在敏珠的帮助下将郑尚俊击毙。病毒最终没能扩散出去，搜查科也得以保全继续暗中守护国家。

　　郑尚俊是郑仁哲的遗孤，他与崔大贤联手策划了一系列复仇事件。刘振宇向武元通风报信，他要求警方先救出崔花英。武元找到了关押花英的保育院，他果决击毙匪徒后将花英救出。保育院修女向武元道出了陈年秘闻，郑尚俊以及死去的南仁浩等人都是秘密要员遗孤，崔大贤一直关照他们成长。太人体内病毒进入晚期，他给健宇留下遗言后逝世。李明根为护女儿中枪身亡，敏珠终于原谅他当年犯下的错。新研发的病毒进入试验阶段，崔大贤准备用其展开复仇行动。

　　崔大贤向太人讲述了自己的信念，他以正义之名行残虐之事。武元向队员说出李明根是敏珠的生父，敏珠受委派恢复本来身份接近李明根，健宇则伪装成敏珠的未婚夫。李明根曾为了会长之位置妻女于不顾，幼年丧母的敏珠自此后对他恨之入骨。太人体内的病毒开始发作，刘振宇抽取他的血来制作新的病毒。敏珠迷晕父亲后探查太人关押处，但崔大贤插手将敏珠与健宇擒获。李明根带人营救敏珠，不料郑室长是卧底反使得李明根陷入险境。

　　搜查科成员得知太人的现状后很是焦心，崔大贤局长主动与向武元透露情报并提出合作，武元为了救出闵太人只得应允。崔大贤通过审问詹姆斯获知了刘振宇的行踪，泰平等人出动将刘振宇抓获并得到了病毒抗体。韩易俊室长带人袭击搜查科所在大楼，崔大贤与韩易俊里应外合带走了刘振宇，武元等人这才意识到崔大贤就是幽灵。太人通过自虐摆脱监视，不料却正巧被崔大贤擒获。

　　敏珠潜入严仁京办公室盗取了派对出席者名单，名单中有众多高官与财阀，敏珠在看到李明根会长后情绪险些失控。德厚在现场负责监听，健宇则躲在暗处准备行动。严仁京试图下毒谋害李日韩厅长等人，健宇出现揭穿了严仁京的阴谋，严仁京为了守护幽灵而服毒自尽。韩室长将幽灵召唤的信息告诉马尚旭，马尚旭相助韩室长将闵太人打晕俘虏。南仁浩死前将病毒注入太人体内，太人成为幽灵手中的活体病毒。