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　　秦敖放走了雅德利，破坏了黑龙会把SQ4传播到重庆各处的计划。

　　郭仲衡逃到黑龙会，向头目表达自己对秦敖的疑惑。而此时的秦敖正要摧毁日军的军火库，那里保存着大量SQ4制造的病毒弹。陆涯和扈渝雯及时赶到，协助秦敖击败了黑龙会和郭仲衡，摧毁了SQ4病毒弹。

　　但是郭仲衡并没有死，他杀死了留下的秦敖，并企图用感染病毒的自己将SQ4传播到重庆市区。陆涯发现了这一切，紧急寻找郭仲衡，希望能阻止他的疯狂行为。

　　通过蛛丝马迹，陆涯在自来水厂找到郭仲衡，郭仲衡企图污染水源，关键时刻郭仲衡病毒发作，为了整个城市的安全，陆涯和郭仲衡一起投进了火海。

　　1945年，日本宣布无条件投降，黑室作为一个抗日的秘密机构，永远成为了历史。

　　雅德利自愿帮助秦敖，随秦敖前往黑龙会。

　　陆涯暗中观察高层动向以抓捕内奸，经过严谨的采证，目标最终锁定在郭仲衡身上。郭仲衡望风而逃，逃亡中的他盯上了扈渝雯。

　　秦敖发现了SQ4所在的军火库，但是看守严密。日本人不完全信任秦敖，要求他毒死雅德利。秦敖自己喝下了毒酒，保全了雅德利。

　　郭仲衡绑架了扈渝雯，要挟陆涯带他逃出封锁线。郭仲衡趁乱逃脱。

　　黑室破译出关于欧斯特行踪的密电，陆涯春晓紧密布置要阻止日本人得到SQ4。但是日本人临时变动了计划，利用秦敖迷惑了黑室，黑室成功扫除了埋伏的特务，却扑空了交易地点，日本人得到了SQ4。在抓捕欧斯特的过程中，春晓中枪牺牲。

　　扈渝雯终于了解了秦敖的苦心，她决定把秦敖的孩子生下来。

　　秦敖知道自己已经被日本人怀疑，但是为了找到机会毁掉SQ4，他决定返回黑龙会。日本人根本不信任秦敖，秦敖答应抓回雅德利以表示忠诚。

　　小蝶偷换了扈渝雯的避孕药，扈渝雯发现自己怀上了秦敖的孩子。

　　扈渝雯不知道秦敖已经洗心革面，依然残忍地对待着秦敖。秦敖忍受着一切，他故意放走了扈渝雯。

　　黑龙会跟踪着扈渝雯，前来救援的陆涯同扈渝雯一起陷入了危机。秦敖及时出现，杀掉了老吴，救下了扈渝雯和陆涯。小蝶替秦敖挡下一枪死去。

　　陆涯知道秦敖一直在忍辱负重，但是毫不知情的扈渝雯不能忍受自己怀着汉奸的孩子，偷偷去打胎，被陆涯阻止，陆涯让扈渝雯留下这个孩子。