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鬼神醒来在日本，传说中的压着鬼的宿那山出现了怪兽，据说是盗墓者误拿走了封存鬼的剑，宿那鬼便复生了。其实是宇宙粒子能量变化产生了怪兽，超级能量小队的战斗又打响了。

被流放的目标超级能量小队的队员大古从神秘的男人手中救下了名叫RUXIYA的少女，少女好象是从其它星球上来的。其实神秘的男人正是外星人，而许多戴手镯的人和名叫RUXIYA的少女一样，是被玩打猎游戏的外星人所驱放出来的游戏目标而已。奥特曼迪迦必须去制止这种不道德的游戏。

不做奴隶市民争一在一个晚上，目击了外星人用奇怪的光线枪把掳捕地球人的场面，它们想把捕获的地球人当作外星人奴隶。为了营救被抓获的争一，奥特曼迪迦再战外星人。

从深海来的SOS超级能量小队的队员RINA的宠物海豚，最近总是没精打采。好象受了惊吓。就在这时，海底地层连续发生地震，怪兽出现了。海豚出于动物的本能感受到了，为了维持海洋的和平，奥特曼迪迦将挑战深海怪兽。

安魂曲超级能量小队收到了有神奇生物的反应，赶到现场的超级能量小队的队员HORI正巧与大学时代的同学相遇，但是同学的举止十分古怪，据能量小队的探测，怪兽正潜伏在友人的体内。捕捉怪物，搭救同学的战斗又开始了。

封闭的游乐园信城兄妹二人前去游乐园，在那里遇到了遭受别人欺负的春树兄妹，信城鼓励他们要拿出勇气来，正在这时，地底下冒出了怪兽，春树为保护妹妹，与怪兽进行决斗，最后被及时赶到的奥特曼迪迦所搭救。

等待怪兽的少女在建筑工地发现了神秘的密封太空舱。超级能量小队的队员大古和RINA在调查访问中相遇了一位少女。在超级能量小队的本部里，少女的笛声解开了密封太空舱的大门，太空舱内，一匹怪兽出现了。

万圣节的夜晚在万圣节的晚上，超级能量小队收到了有异常的信号。立即就此展开了调查。与此同时，队员在追赶奇怪的魔女时，知道了她就是专门窃取孩子们梦想的“异次元人”魔女，必须战胜她，才能让地球的孩子们有一个梦想的夜晚。

降临到地球的外星人企图侵略地球的外星人，在接近了地球时，曾遭到这保卫地球的宇宙中心的反击，外星人对宇宙中心的技术长官怀恨在心,并想诱拐技术长官的女儿，战胜恶劣外星人成了奥特曼迪迦的神圣使命。

第三类接触奇妙的云彩接近着地球。超级能量小队队员可力君推测这是否是居住在空中的怪物…….。当怪兽出现的时候，他追问到了怪兽的特殊语言，并实现了他恩师的遗愿，尝试着与怪兽交流。