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你好！奥特曼有一天，大古接到了一份“我知道，你的真面目”的电子邮件。发信的人是一位有超级能力的青年，建议大古参加一个游戏。为了具备别人没有的力量，青年有过痛苦的过去，大古为此力量，也同样饱受着嫉妒的感触。

蜃楼的怪兽街上四处传播着出现了怪兽的消息。实际上，是TPC的情报部故意传出的谣言，目的是为了观察人们的反应。GUTS的队长知道内情，还是派队员们调查现场感到很困惑……。但是，怪兽真的存在了……

花在和平时期，GUTS都去看花了，大家都沉醉于美丽的樱花中，开心的忘记了时间。就在这时，留守于本部的大古探察到在看花的主要地点发生了异常变化。

超越时空的微笑曾经消失的船舶和飞行机突然之间又出现了。YAZUMI命令调查与其同一现象出现的少女。原来全是怪兽在操作着，GUTS开始了击退怪兽的作战方案……

沉睡的少女袭击了总监的神奇生体兵器，原来是24年前，来过地球的外星人。RENA一直遭到它的幻影干扰，最终还是被它抓去了。异星人企图利用巨大怪兽改变地球环境。为了救处RENA，迪迦起飞了。

南方海峡SAWAI总监乘坐的飞行机断绝了消息。立即前往搜索的GUTS，在一个岛的上空遭到了某种阻碍。与此同时，根据总监的消息，小岛想作为首都诞生新国家。GUTS掌握了谁想利用总监搞阴谋。

黑暗都市大城市里频频发生失踪事件，杂志记者小野田发现了事件的背景是由魔兽在作怪，并且了解到曾经的同事也是犯人。GUTS将挑战想支配世界限于黑暗的魔界。

攻防重要环节一匹怪鸟正向着各类生物封印的某一处飞去，发明了GAS，并把它封印起来的根津博士说，20年前，因GAS而牺牲的女儿的宠物，变成怪兽出现了。GUTS立即采取了防战体制。就在这时……

GUTS基地被袭击在南极发现的陨石中，寄生着惑星的生物…。GUTS队员们对其能整治地球环境抱以了幻想，只考虑自身繁殖的生物，为了收集必要的能量，占据了GUTS基地的计算机。

怪兽动物园大古和RINA利用休假去动物园游玩，突然间怪兽出现了。GUTS立即出击，但是，怪兽却没有特别乱闹，为了防止怪兽给大家造成伤害，准备先发制人时，RINA提出反对意见。

兰色夜晚的记录队员信城在一次试飞中出了事故后，样子怪怪的，对明星MAYA很固执。实际上，在事故的时候，他的肉体里已经潜伏了外星人。这个外星人是来接15年前留在地球的妹妹MAYA的……。