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　　李行义的失踪使李家焦急万分，四处寻找。当他们在郊外的悬崖顶找到李行义的一只鞋后，相信李行义已经遇害，李家陷入了深深地悲痛之中。李时珍决定找出真凶，为弟弟报仇雪恨。他在黄一丰的帮助下来到惠民局药材库，找到了假阿胶等一批假药。正当李时珍带着“证据”，准备离开惠民局时却被惠民局主管李堂发现。李时珍将计就计，掌握了惠民局制假贩假等犯罪证据。李堂摸不清虚实，也不敢轻易加害李时珍，眼睁睁看着李时珍离去。李时珍到知府衙门状告惠民局。知府得知自己一伙的罪恶行径已经暴露，老羞成怒，授意李堂杀人灭口。是夜，张村有人来请李时珍出诊，不料半道跳出杀手将他砍倒，并扔进村头废屋。斯语见李时珍夜深未归，去张村寻找。经好心人指引，斯语终于在村头的废屋找到了奄奄一息的李时珍。斯语割血相救，李时珍得以生还。

　　李行义发现惠民局用假药除役，义愤填膺。李时珍得知瘟疫在整个蕲州蔓延，想请华南下山相救。华南似有隐情，不愿下山。李时珍无奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李时珍与施舍假药的官员发生冲突时，华南突然出现，帮李时珍摆脱困境。没有阿胶，李时珍与华南用罗汉果研制出一种药有很好疗效，疫情得到有效的控制。

　　福成药行的何三一伙仿效李时珍的除役药丸，制假贩假，害死不少百姓，李行义与黄一丰决定要找到他们出售假药的把柄。李行义只身前往福成药行，发现那里正在大量制作假阿胶，不料被何三发觉打昏。当何三派人将昏厥的李行义拖至郊外的悬崖顶正准备抛下悬崖时，李行义被一直在暗中保护他的舅舅老焦相救。老焦带着李行义回到了久别的京城，从此，李行义在舅舅老焦的指引下踏上了一条复仇的不归路。

　　李时珍守在华南屋外不肯离去，最后，华南被李时珍的诚心和人品感动，答应收李时珍为徒。

　　李行义发现蕲州出现了几例肺瘟，因为此瘟疫非官府的阿胶不能治愈，于是赶紧报告惠民局。惠民局主管杨洪勤联合知府和巡抚趁机向朝廷要钱，将几例的肺瘟患者谎报为几万例，于是，朝廷下拨买阿胶除疫的银两全进了这三人的腰包。杨洪勤拿着大把的银票到京城找到严世蕃，买了个太医院院判的官衔。杨洪勤的下属李堂提拔为蕲州惠民局主管。

　　不久，一场规模空前的肺瘟再次席卷蕲州，而朝廷除疫的银子早已下拨。杨洪勤无奈之下找到严世蕃问计，严世蕃要求他发动当地药商捐钱捐药。药商无计可施，只好用假阿胶充数。