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　　张惠妃因服用李时珍开的保胎药而流产，皇上大怒，欲治罪李时珍，李行义劝皇上将李时珍发配民间，将功补过，皇上照准。

　　李时珍知道自己是被冤枉了，但却有口难辩。李行义前来为李时珍送行，李时珍行至半道私自返回京城，潜入黄一丰处，想将自已的冤情查清。

　　李时珍找到金基泰，让其从太医院偷出张惠妃用过的药渣和药灌，未能得手。李时珍被丁冬强发现，并马上报告了官府。官方四处搜查李时珍，长葶将李时珍藏到白云观的密室里。

　　斯语回到家乡后放心不下李时珍，再次重返京城，得知李时珍的遭遇，为他担心不已。

　　李时珍的两个儿子虽然救回来了，但是他们还常常从睡梦中惊醒。这让斯语感到京城不是久呆之地。李行义找到斯语，让她劝李时珍赶快离开京城，不然孩子还会有危险。斯语下定决心带孩子们离开，李时珍坚持留下修《本草》，一家人含泪离散。

　　张惠妃和杨敬妃为了争宠斗得不可开交，张惠妃怀孕，杨敬妃心情狂燥，担心自已地位不保，找到李行义求助。李行义来到张惠妃府上，假装关心其饮食起居，设下圈套，并推荐李时珍为其把脉，以保胎儿安全。张惠妃对李行义的指点心存感激。

　　黄一丰偷偷将十珍斋的牌子卖给丁冬强，可赎金还是不够。黄一丰和玉兰劝李时珍把修《本草》的一万两银子先拿出来赎儿子，可李时珍没有答应。

　　李时珍万般无奈，找到李行义帮忙，李行义让他不要着急，答应想办法。李行义找到锦衣卫的雷子哥出面查找，孩子很快救出。绑匪原是黄一丰结义的把兄弟张军。李时珍带着斯语来见李行义表示感谢。

　　李行义救孩子的事引起崔方的怀疑。李行义意识到李时珍必须尽快离开太医院，不然会影响自己的复仇大计。

　　杨洪勤依计来给裕王查病，他把脉后告诉裕王已患风寒，开了“药方”。严世蕃担心李时珍发现杨洪勤“药方”里的秘密，决定对李时珍开刀。李行义得知后，找到李时珍劝他离开京城两年。李时珍心系重修《本草》大业，没有答应。

　　李时珍加紧查找资料，做好编修《本草》的准备工作。他常常废寝忘食，斯语默默照顾着他。

　　百珍斋老板丁冬强找到玉兰，告诉她黄一丰在妓院，玉兰找到黄大吵大闹。李时珍的两个儿子从书院回家途中被人邦票，索要二万两银子，黄、李两家拿出全部家当依然不够，这不禁让他们焦急万分。金基泰也赶来想办法救师傅的儿子。