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　　健一和莎芝利用学校放假的机会，去了农村的亲戚家里玩，这一带还保留着原始状态的自然本色。健一和莎芝上山收集昆虫时迷路了，遇到一名叫良柱的小男孩，良柱带他俩去参观了自己的秘密山洞，三人在听到爆破的鸣笛后急忙跑了出来，良柱在爆破的地方发现了不明物体。ZAT队探测到丘陵地带发生了12级地震后，驾驶天鲸号去现场查探情况。

　　ZAT队计划在九州进行一次海底火箭演习，海习的联络工作由宇宙站的西田队员来负责。海底火箭发射进海底后却没有自行收回，西田告诉ZAT队目标在逐渐移动中，大家来到火箭的预定的登陆点守护，发现从海里出现了一只怪兽！原来火箭塞在了怪兽的牙缝里，ZAT队决定帮怪兽拔出牙缝里的火箭。天鲸号出动，不料火箭没拔出来，倒把怪兽的牙拔了出来。

　　光太郎和莎芝利用健一的假期，踏上了前往九州宫崎的旅途，在船上，遇到了自称是偷渡的小男孩森田武，他要去九州找爸爸。光太郎等人带着武君去找爸爸，结果途中地面突然下陷；另一边，武的爸爸在挖温泉时挖出了怪兽，中山急忙跑去找人帮忙，正巧遇到了光太郎等人，武君听说爸爸被怪兽吃掉了，四处寻找后只发现了爸爸的安全帽。

　　接连发生多起吸血鬼杀人事件，警方请求ZAT队协助调查。在调查过程中，光太郎看到一个手拿花朵的女孩横穿马路，便将她抱到了马路旁边。由于不知道小女孩家在何处，光太郎将小女孩带回了家，小女孩还把她的花送给了健一。光太郎从福利院打听到小女孩已经被收养，便将女孩送回了家。入夜后，有根藤进了健一家，跟小女孩给的花朵连接后，袭击了莎芝。

　　光太郎和健一在澡堂洗澡时，感觉地面一阵晃动，那是因为海象怪兽德帕拉斯从海岸深处钻到了东京的地底下，它正在寻找地面的出口。南原、上野、北岛三人进行比赛划船，怪兽突然从湖中心冒了出来。光太郎因为要参加拳击比赛，所以近期一直在控制体重，严重的饥饿感导致他看到什么都能当成食物，结果在与怪兽的战斗中只好跳伞逃生。

　　继三栋高层建筑大楼不明原因倒塌之后，再次出现一栋高楼倒塌现象，ZAT队针对是否是设计上的错误，询问了设计家平田修一，但并未得到明确回应。平田修一时健一同班同学敏夫的父亲，健一从电视上得知这件事后，去找敏夫，俩人一起去倒塌的大楼查找线索。他们发现了巨大的蚂蚁，这些蚂蚁或许才是大楼倒塌的罪魁祸首，他们把蚂蚁带回家，第二天早晨发现蚂蚁烧毁容器逃走了。